يضم معمل مستشفي عين شمس التخصصي احدث الأجهزة الطبية لعمل كافة التحاليل ( الكيمائية – أمراض الدم – المناعة وكذلك الباكتيرولوجية ) ويعمل يه نخبة مختارة من الدكاترة ويشرف علي سير العمل نخبة من أساتذة جامعة عين شمس لضمان الجودة و الدقة كما أن معمل المستشفي يطبق احدث الأساليب العلمية لتحقيق الجودة مثل الاشتراك في نظام الجودة الداخلي و الخارجي ويخدم ما يقرب من نصف مليون مريض سنويا من داخل و خارج المستشفي .