تعد وحدة مكافحة العدوى بمستشفي عين شمس التخصصي نموذجا يحتذي به في هذا المجال حيث تم إنشائها 1989 لتواكب المعايير الدولية لمكافحة العدوى ويعمل بها فريق طبي متخصص في هذا المجال.

وينقسم فيها العمل إلى عمل التحاليل والفحوصات اللازمة في بعض الأقسام للوقوف علي مدي سلامة عملية التطهير بالمستشفي إلى جانب الدراسات الدورية الخاصة بحالات العدوى المكتسبة في المستشفي بالإضافة إلى الدراسات التي تتم لتحديد الميكروبات المقاومة للمضادات الحيوية واتخاذ إجراءات العزل المناسبة لها.

كما يتم أيضا فحص مصادر المياه بالمستشفي باستخدام احدث الأجهزة المخصصة لذلك من الناحية الميكروبيولوجية.